みなさんこんにちは！特定技能の書類作成・人材管理システムを提供しているSMILEVISAです。

2025年9月30日付で、出入国在留管理庁が公表している「特定技能運用要領」が改正されました。今回は、在留期間や提出書類の変更、通算在留期間の取扱いなどの重要事項が改正されています。

本記事では、出入国在留管理庁より発表された最新情報に基づき、特定技能運用要領の変更点についてわかりやすくまとめています。

記事の最後では、新制度の変更点を分かりやすくまとめた解説資料が無料でダウンロードできます。

特定技能運用要領の改正ポイントは？

特定技能運用要領とは、出入国在留管理庁が公表している特定技能制度を実務的に運用するための指針・手続ルールをまとめた文書です。改正されることがあるので随時、出入国在留管理庁のHPから確認する必要があります。

2025年9月30日に改正が行われ、特定技能の在留期間の変更、適格性書類の提出の省略に関する説明、通算在留期間に関する特例の説明が加えられました。

特定技能の在留期間に関する変更

特定技能の在留期間が以下の通り変更されました。

今回の改正によって特定技能1号、2号ともに在留期間が柔軟になりました。

特定技能の提出書類（適格性書類）が省略可能に

今までは、在留資格に関する申請の際に、特定技能所属機関の適格性に関する書類（適格性書類）の提出が必須でしたが、今回の改正により、一定の基準を満たしていれば提出を省略できるようになりました。

しかし、適格性書類は1年に1度の定期届出で「特定技能外国人の受入れ・活動・支援実施状況に係る届出」に添付する必要があります。

以下では、どのような書類の提出を省略できるのか、また、どのような場合に省略が認められるのかについて解説していきます。

適格性書類の提出の省略が可能な適格性書類

省略できる適格性書類は以下になります。

• 特定技能所属機関概要書（参考様式第１－１１－１号）
• 登記事項証明書
• 業務執行に関与する役員の住民票の写し
• 特定技能所属機関の役員に関する誓約書（参考様式第１－２３号）
• 特定技能所属機関の労働保険料、社会保険料、国税、法人住民税の納付に係る資料

ほかに提出の省略が可能な書類

適格性書類のほかにも以下の書類は提出を省略することができます。

• 特定技能外国人の報酬に関する説明書（参考様式第１－４号）
• 雇用の経緯に係る説明書（参考様式第１－１６号）

提出の省略の為に満たすべき一定の基準

「一定の基準」とは、次のいずれかの条件を満たすことを指します。

• 過去3年間に指導勧告書の交付や改善命令を受けていない
• 在留関係の申請をオンラインで行い、届出も電子申請で行っている
• 一定の実績があり、今後も適切な受入れが見込まれる機関であること

「一定の実績があり、適切な受入れが見込まれる機関」とは次のいずれかに該当する機関です。

1. 日本の証券取引所に上場している企業
2. 保険業を営む相互会社
3. 高度専門職省令に定める「イノベーション創出企業」
4. その他、一定の条件を満たす企業等
5. 前年の「給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表」における源泉徴収税額が1,000万円以上ある法人・個人
6. 特定技能所属機関として、過去3年間継続して受け入れ実績があり、かつ債務超過に陥っていない法人

なお、オンライン申請や電子届出を行うには、事前の利用者登録が必要です。
また、適格性に関する書類の提出が不要な場合でも、出入国在留管理局から提出を求められた際は、速やかに提出する必要がありますのでご注意ください。

※「同一年度内」や「一定の条件を満たす企業等」の詳しい解説はこちらの記事でわかりやすく解説しています。

通算在留期間に関する特例

通算在留期間の取扱いについても、特定技能運用要領に明記されました。具体的には、通算在留期間に含まれない期間と、期間の延長に関する内容の明記です。

以下で詳しく解説していきます。

通算在留期間の延長の適用方法

下記のいずれかに該当する場合、５年の通算在留期間が満了する前（概ね３か月前）に、必要な資料を添付したうえで申請を行います。

通算在留期間から除外される件や在留期間延長について該当するのは、現在日本に在留する全ての特定技能外国人の方になります。つまり、日本に入国した時に遡って適用となります。

通算在留期間に含まれない期間

以下のケースは通算在留期間に算入されません。

① コロナ等やむを得ない事情により再入国できなかった期間

② 産前産後休業・育児休業の期間

以下は注意点になります。

• 産休育休を延長できる期間は休んだ期間によるため、1年とは限らない
• 産休育休中に5年満期を迎える場合も満了期を迎える3か月前に申請
• 令和7年4月以前に産休育休を取っている場合、さかのぼって随時報告を提出する必要なし
• 保険の加入期間が足りず、産休育休手当の申請が出来ない場合は、母子手帳、出産証明書、出勤簿などで確認して審査

③ 病気・怪我による休業（原則1か月以上1年以下）

通算在留期間延長の条件

次の条件を満たした場合、通算在留期間を5年から6年へ延長することが可能となります。

• 特定技能2号試験を受験し、不合格であったが「合格基準点の8割以上の得点」を取得していること　例）飲食料品製造 104点以上、外食 131点以上
• 今後の受験・合格・資格変更・不合格時の帰国についての誓約をしていること
• 所属機関において継続雇用の意思および試験合格に向けた支援体制があること

注意点として、介護福祉士の試験は特定技能2号試験ではないので対象外となります。また、在留期間を延長した後、試験に不合格となり、次回の試験が在留期限内に実施されない場合は、その時点で帰国する必要があります。

また、「様式第１－３０号　休業期間に関する申立書」と「様式第１－３１号　通算在留期間を超える在留に関する申立書」の２つの書類も新たに追加されました。

詳細は、法務省出入国在留管理庁の公式ページをご参照ください。また、弊社のブログで、通算在留期限や在留期間更新許可申請書に関する記事がございます。ぜひご覧ください。

2025年度の特定技能制度の変更点を分かりやすく解説した資料を無料配布中

特定技能の受け入れ企業が、実務の際に役立つ、無料ダウンロード資料をご用意しました。

本資料は 2025年4月から開始された特定技能の新制度 に対応した最新ガイドです。

• 届出や各種書類の変更点
• 定期面談や送迎に関する新ルール
• 新様式での書類提出の開始時期
• 実務上の注意点

といった、受け入れ企業が押さえておくべきポイントを一目で理解できる内容になっています。社内での共有や研修資料としても便利にご活用いただけます。

特定技能運用要領の改正内容のまとめ

以上、特定技能運用要領の改正について解説しました。今回の改正は、受入機関にとって申請手続きの簡素化と運用の柔軟性向上につながる重要な変更です。

SMILEVISAではこれから特定技能を自社支援で受け入れていきたい、特定技能の管理費を大幅にコストカットしたい、書類の申請を効率化したい！とお考えの受入れ企業様向けの特定技能管理システムを提供しています。

自社支援の開始に自信がない方でも、問題なく自社支援に切り替える伴走サポートもございます。当社をご利用した100％の企業様が自社支援を成功させています。特定技能の自社支援をご検討の方は、ぜひこちらよりお気軽にご相談ください！

 ※本記事は現時点(2025年10月)で確認が取れている情報となります。制度変更や書類の書 式変更などで内容が変更になることもございますので、実際に申請する場合は必ず出入国 在留管理庁や在外公館まで直接お問い合わせいただくようお願い致します。